بني القصر حول ضريح سيدي بودخيل من طرف أحفاد هذا الولي الصالح المولود بزمورة سنة 1480 و توفي في 1563 و كان ينتمي للزاوية القادرية التي إستقرت في المنطقة أما المدينة الجديدة فيعود إنشاؤها إلى العهدة الإستعمارية ففي 1882 تم إنشاء موقع إستراتيجي للحماية العسكرية نتيجة لإندلاع ثورة الشيخ بوعمامة قام المستعمر الفرنسي بإنشاء هذه المنطقة من أجل التحكم في البوابة نحو الصحراء و كانت المنطقة المحادية للعين الصفراء أحد معاقل المقاومة الشعبية ضد المستعمر الغاشم في الجنوب

في سنة 1959 بلدة العين الصفراء كانت تحتوي تحت إدارتها أربعة بلديات و هي العين الصفراء عسلة مغرار و بوسمغون و في سنة 1969 و في إطار الإصلاح الإقليمي أصبحت العين الصفراء مقرا لدائرة من بين أربعة تابعة للولاية الجديدة أنذاك ولاية سعيدة و تتضمن بلدية العين الصفراء عسلة و مغرار و في سنة 1984 تم ضمها لولاية النعامة